Гражданская война в Таджикистане была спровоцирована утратой легитимности верховной властью в республике после распада СССР. Осенью 1991 г. в стране образовалась антиправительственная оппозиция, добивавшая свержения власти компартии. Свержение М.Наджибуллы в соседнем Афганистане силами афганских таджиков и узбеков весной 1992 г. еще больше накалило обстановку в Таджикистане, поскольку победившие в Кабуле афганские таджики стали оказывать помощь своим единомышленникам в Таджикистане под лозунгом объединения всех таджиков по обе стороны старой советско-афганской границы.

Уязвимым местом Таджикистана была сложная структура отношений между таджикскими региональными кланами – северным (худжандским или ленинабадским по названию г. Худжанд, преж-{?}нее название которого было Ленинабад) и южным (кулябским, по названию г. Куляб). Наряду с двумя главными кланами существовало несколько других, менее мощных, но влиятельных (гармский, гисарский и др.). Памирцы (бадахшанцы, проживающие в Горном Бадахшане) составляли среди них особый клан.

Клановая организация таджикского государства существовала очень давно, и она сохранялась в годы советской власти, воплотившись в систему негласных, но строго соблюдавшихся квот на занятие руководящих постов. Москва контролировала распределение квот таким образом, чтобы существовала соразмерность между численностью клана и количеством мест, которые отдавались выходцам из него. Благодаря этой системе соперничество между кланами удавалось держать под контролем. При этом традиционно первенствовали в Таджикистане выходцы из северного, худжандского, клана, которые представляли интересы Ленинабадской области, с трех сторон окруженной территорией Узбекистана. Худжандский клан был тесно связан с общинами таджиков в Узбекистане (по оценкам, в Узбекистане проживает от 1 до 6 млн таджиков, большая часть – в районах Бухары и Самарканда) и считался в Таджикистане «проузбекским». В руководстве Узбекистана в тот период наибольшим влиянием пользовались выходцы из Самарканда, связанные с худжандскими таджиками личными связями и дружбой.

Северяне (худжандский клан) делили ответственные посты с южанами (кулябский клан). «Перестройка» и распад СССР сломали этот порядок. В феврале 1990 г. впервые гармцы и бадахшанцы попытались добиться перераспределения власти в свою пользу путем отстранения от власти первого секретаря ЦК КП Таджикистана северянина К.Махкамова. Эта попытка окончилась полным изгнанием представителей гармского и памирского кланов из органов власти. Те затаились, но не смирились.

После поражения ГКЧП и провозглашения независимости Таджикистана в Душанбе на почве неприятия официальной власти возникла причудливая коалиция европеизированной антикоммунистической интеллигенции и исламских традиционалистов, базой которых стала Исламская партия возрождения Таджикистана (ИПВТ). Этот блок поддержали некоторые лидеры южан. Возникшее объединение стало называть себя объединенной оппозицией. Она пользовалась поддержкой московских радикалов из демократического лагеря.

После вынужденной отставки К.Махкамова, недальновидно поддержавшего ГКЧП в августе 1991 г., президентом Таджикистана 24 ноября 1991 г. был избран худжандец Рахмон Набиев. Он опередил лидера объединенных сил оппозиции памирца Давлата Худоназарова, которого в тот момент поддерживали таджикские исламисты.

Р.Набиев в начале 1992 г. попытался оказать давление на оппозицию. Но та при финансовой поддержке из-за рубежа стала формировать вооруженные отряды. В марте 1992 г. она начала кампанию за свержения президента, организовав в Душанбе многодневный {?} митинг под исламистскими лозунгами. Костяк протестующих составляли памирцы и гармцы.

Президент Р.Набиев смог на время обеспечить себе поддержку южан: большие группы кулябцев прибыли в столицу, где они организовали контр-митинг в защиту президента. Однако через несколько дней руководители оппозиции уговорили и вынудили их вернуться в Куляб. Получив перевес в силах, памирцы, оставшиеся в городе, окружили здание Верховного совета Таджикистана и заставили депутатов проголосовать за формирование нового правительства во главе со ставленником памирцев А.Искандаровым. В стране было создано коалиционное «правительство национального примирения», треть мест в котором получили исламисты-памирцы. Поскольку президент Р.Набиев формально остался на своем посту, переворот выглядел как результат сговора северян с памирцами, но последние фактически целиком узурпировали власть.

Правительство решило распространить свой контроль на провинции. Внимание исламистов было сосредоточено на Кулябе. Кулябский клан, представители которого побывали в Душанбе во время мартовских событий и убедились в невозможности компромисса с исламистами, принял решение оказать сопротивление. Провозгласив создание Народного фронта, южане смогли быстро сформировать боеспособные военизированные отряды. Началась кровопролитная война, сопровождавшаяся жестокостями по отношению к мирному населению.

Властный блок в Душанбе был непрочен. 7 сентября 1992 г. памирцы вынудили Р.Набиева сложить с себя полномочия президента. Новым президентом себя провозгласил А.Искандаров, который, правда, предложил пост премьер-министра выходцу из Худжанда А.Абдулладжонову. Исламисты пытались сохранить лояльность северян, чтобы развязать себе руки в борьбе против южан. Руководство исламистов стало требовать от России вывода из страны 201-й российской армии и передачи ее боевой техники вооруженным формированиям памирцев.

Между тем, режим не контролировал положение дел во всем Таджикистане. Северный клан не доверял памирцам и был склонен вернуться к привычной формуле раздела власти с южанами. Весьма противоречивая ситуация складывалась и в межконфессиональных отношениях. Разные группы таджиков неодинаково относились к идеям радикального исламизма.

Хлынувший в Таджикистан после 1991 г. поток иностранных религиозных эмиссаров принес проект создания исламского государства по образцу иранского. Но он был благожелательно встречен лишь в Горном Бадахшане – самой бедной и отсталой части Таджикистана, где имелись глубокие традиции шиитского ислама исмаилитского толка.

В других областях он не вызывал интереса. В отличие от шиитов-памирцев, таджики на севере, в центре и на юге Таджикистана {?} исповедовали суннитский ислам. Региональные различия налагались на конфессиональные. Да и традиции светского правления успели пустить в Таджикистане за годы советской власти довольно глубокие корни.

Положение в Таджикистане вызывало растущую тревогу в Узбекистане, светский режим которого мог стать следующей целью исламистов в случае их победы в Таджикистане. Угроза экстремизма пугала и Россию. Внешняя среда таджикского конфликта стала меняться.

В октябре 1992 г. силы Народного фронта (ядро которого составляли южане), заручившись поддержкой Узбекистана и России, начали наступление на Душанбе. Под их давлением Верховный совет Таджикистана созвал сессию парламента не в столице, где господствовали памирцы, а в Худжанде. Депутаты-худжандцы и кулябцы, составлявшие большинство списочного состава парламента, съехались в Худжанд. Они упразднили институт президентства и избрали главой парламента кулябца Эмомали Рахмонова. Пост главы правительства сохранил А.Абдулладжонов. Снова была восстановлена коалиция северян и южан, но на этот раз при первенствовании последних. Памирцы были опять изгнаны из власти.

10 декабря 1992 г. войска Народного фронта вошли в Душанбе и стали вытеснять исламистов на территорию Афганистана. В Афганистан хлынул поток беженцев из числа членов семей и родственников участников антиправительственной борьбы. Контроль нового правительства распространился на всю территорию Таджикистана, кроме Горного Бадахшана, с руководством которого было достигнуто соглашение о неразмещении на его территории правительственных войск. Конфликт перешел в вялотекущую форму. Таджикские исламисты создали базы на территории Афганистана и стали наносить оттуда удары по Таджикистану.

Для противодействия им на значительной части таджикско-афганской границы были размещены российские пограничные части. Только к 1996 г. гражданская война стала затихать. Это было связано с изменением ситуации в Афганистане: наступавшие на Кабул с юга Афганистана отряды талибов стали теснить Северный альянс, и афганским таджикам было уже не до вмешательства в дела Таджикистана. Таджикская оппозиция лишилась поддержки.

Тем временем, 25 мая 1993 г. в Москве был подписан российско-таджикский договор о дружбе, сотрудничестве и взаимопомощи. В нем было регламентировано присутствие на территории Таджикистана частей российской армии и пограничной службы. Российские военные оказывали поддержку группировке Э.Рахмонова. Для обеспечения стабильности были сформированы коллективные миротворческие силы СНГ, состоявшие из российских войск (90%) и подразделений Узбекистана, Киргизии и Казахстана. В Таджикистане развернули работу миротворческие миссии ООН и ОБСЕ, а также миссия Международного комитета Красного креста, которая {?} взяла на себя оказание гуманитарной помощи беженцам, число которых достигло 1 млн человек.

Основой Объединенной таджикской оппозиции стало Движение исламского возрождения Таджикистана (ДИВТ), во главе которого стал известный исламский деятель Ходжи Акбар Тураджонзода. Было сформировано «правительство в изгнании» во главе с Саидом Абдулло Нури. Оппозиция получала помощь от Ирана, Пакистана, Афганистана и Саудовской Аравии.