Подписание Дейтонских соглашений по Боснии не стало завершающим этапом дезинтеграции бывшей Югославии. В конце 90-х годов обострился конфликт в сербском крае Косово, население которого состояло из албанцев и сербов при численном преимуществе первых. Еще в 1989 г. в ответ на требования албанского большинства объявить край республикой лидер Сербии С.Милошевич де-факто отменил автономный статус Косово (по конституции 1974 г. он, входя в состав Сербии, фактически пользовался правами республики). Это не разрешило проблему, так как косовские албанцы продолжали требовать расширения своих прав, выжидая момента для активизации борьбы. Война в Хорватии и Боснии способствовала снижению активности косовских албанцев, так как они опасались, что в условиях военного времени сербскому руководству будет легче применить против них силу. Подписание Дейтонских соглашений, показавшее слабость международных позиций Сербии, послужило косовским албанцам ободряющим сигналом. Последовала активизация сепаратистов.
Отменив в 1996 г. санкции против Югославии после Дейтонских соглашений, международное сообщество отказалось восстановить ее членство в ООН, ОБСЕ и международных финансово-экономических институтах. Предварительным условием нормализации отношений с СРЮ западные страны считали урегулирование «косовской проблемы» и восстановление самоуправления края. Албанское население Косово не подчинялось белградским властям, создав свои структуры управления. Страны НАТО требовали от С.Милошевича согласия на переговоры с лидером умеренных албанцев Ибрагимом Руговой.
Ситуация обострилась, когда весной 1997 г. в Республике Албании разразился кризис, связанный с падением режима Сали Бериши (пользовавшегося поддержкой США). В результате протестов населения, пострадавшего от краха «финансовых пирамид» – афер, в причастности к которым обвинялось албанское руководство, – в Албании возник «вакуум власти». Центральное правительство утратило контроль над положением дел. В ситуации политического брожения произошла вспышка настроений в пользу реализации «проекта Великой Албании» через присоединение к Албании сербских земель с албанским населением.
На территории Северной Албании, подконтрольной правительству в Тиране, были созданы базы боевиков «Освободительной армии Косово», которые стали наносить отсюда удары по федеральным войскам и сербской полиции в Косово. Отряды боевиков пополнялись за счет беженцев из числа косовских албанцев, уходивших на албанскую территорию от этнических чисток, проводимых в крае укомплектованными сербами федеральными подразделениями.
Пытаясь удержать контроль над ситуацией, в феврале 1998 г. С.Милошевич (в 1997 г. истек срок его мандата в качестве прези-{?}дента Сербии, и он стал президентом СРЮ) принял решение ввести в Косово дополнительные силы армии и военной полиции. Между правительственными войсками и сепаратистами начались столкновения, в ходе которых страдало гражданское население – сербское и албанское. Международное сообщество зафиксировало в крае нарушения прав человека. Страны НАТО требовали от Белграда отказаться от применения силы. Фактически они стали на сторону косовских албанцев.
Конфликт стал предметом рассмотрения в Совете безопасности. 23 сентября 1998 г. он принял резолюцию № 1199 с требованием прекратить военные действия в Косово. Резолюция предусматривала в случае продолжения войны возможность принятия «дополнительных мер» для обеспечения мира.
13 октября 1998 г. совет НАТО принял решение о начале бомбардировок Сербии в случае ее отказа принять требования Совета безопасности. Правительство СРЮ пошло на уступки и сократило военный контингент в Косово. Напряженность не спадала. Страны НАТО настаивали на введении в Косово многонационального миротворческого контингента, в задачи которого входило бы обеспечения гуманитарных прав всего населения края. В Косово предлагалось осуществить «гуманитарную интервенцию».
Западные страны предложили созвать в Рамбуйе (Франция) конференцию конфликтующих сторон для выработки компромисса. 30 января 1999 г. руководство НАТО выступило с энергичным призывом к участникам конфликта согласиться на переговоры, угрожая в противном случае нанести по ним авиаудары. Переговоры начались. По их результатам в феврале-марте 1999 г. был выработан текст мирного соглашения («соглашение в Рамбуйе»). Но делегация Сербии отказалась его подписать, сочтя неприемлемым включенное в текст требование о вводе в Косово иностранных войск.
20 марта 1999 г. территорию края покинули наблюдатели ОБСЕ, а 24 марта ВВС НАТО начали систематические бомбардировки стратегических объектов по всей территории Сербии, включая Белград (мосты, правительственные здания, аэродромы, места расположения армейских частей и т.д.). Югославия стала объектом военного нападения НАТО, действия которой не были непосредственно санкционированы решениями Совета безопасности. После двухмесячных бомбардировок сербское правительство было вынуждено согласиться вывести федеральные силы армии и полиции из Косово. При посредничестве России («миссия В.С.Черномырдина») 9 июня 1999 г. сербские представители и командование сил НАТО подписали соглашение о прекращении огня и выводе правительственных войск из Косово, взамен которых 3 июня 1999 г. в край был введен контингент НАТО. Косово было фактически отторгнуто от Югославии. «Армия освобождения Косово» была легализована под видом косовской военной полиции. Сербское население края почти полностью его покинуло. Действия НАТО в Косово не были санк-{?}ционированы ООН, но их результаты были одобрены резолюцией СБ ООН № 1244 от 10 июня 1999 г.
Российская Федерация выступала против интервенции в Косово и оказывала Сербии гуманитарную и экономическую помощь. Проблема Косово вызвала напряженность в отношениях между Москвой и НАТО. Государственную Думу России переполняли настроения в пользу принятия «энергичных» мер в защиту Сербии. Со своей стороны, западные политики критиковали Россию за отказ поддержать НАТО и требовали применить против нее санкции. Косовский вопрос был предметом напряженных политических консультаций между российскими дипломатами и представителями западных стран, целью которых было предупредить подрыв отношений между Россией и Западом.
Когда к лету 1999 г. стало очевидно, что ввод иностранных войск в Косово неизбежен, российское правительство по просьбе сербского руководства и по приглашению командования НАТО согласилось направить воинский контингент в состав многонациональных сил, с тем чтобы он был размещен в районах компактного проживания сербов в Косово для их защиты.
После поражения в Косово ситуация в Югославии еще больше осложнилась. Президент СРЮ С.Милошевич решил выставить свою кандидатуру для избрания президентом Сербии, поскольку подозревал, что единое государство Сербии и Черногории, которое он официально возглавлял, может распасться. Выборы была назначены на 8 сентября 2000 г. Официально они принесли победу С.Милошевичу, но оппозиция отказалась признать их результаты.
В стране начались протесты. Вооруженные силы отказались подчиняться президенту, он был бескровно отстранен от власти 6 октября 2000 г. после решения конституционного суда Сербии, который вынес вердикт в пользу законности избрания президентом кандидата оппозиции Воислава Коштуницы. С.Милошевич официально отказался от власти, и В.Коштуница был провозглашен президентом. Его приход позволил нормализовать отношения Югославии с западными странами. Новое сербское правительство возглавил Зоран Джинджич, по настоянию которого С.Милошевич в июне 2001 г. был выдан Международному трибуналу в Гааге по обвинению в преступлениях против человечности в связи с событиями в Косово. (В феврале 2003 г. З.Джинджич был убит в Белграде.)
Смена власти в Сербии не остановила дезинтеграции СРЮ. Пришедший еще в мае 1998 г. к власти в Черногории президент Мило Джуканович повел дело к мирному отделению от Сербии. В марте 2002 г. при посредничестве Евросоюза было подписано соглашение о преобразовании Югославии в Федерацию Сербии и Черногории при сохранении их в составе единого государства. Но Черногория продолжала настаивать на полном отделении от Сербии. Евросоюз предпочитал сохранение Югославии как единого государства, так как миссии Евросоюза в Косово действовали на основании докумен-{?}тов, принятых в отношении Югославии, и исчезновение этого государства формально поставило бы под вопрос их легитимность. Между тем, Косово, номинально числясь частью Сербии, фактически управлялось чиновниками ООН. С 4 февраля 2003 г. в связи с принятием новой конституционной хартии бывшая Союзная Республика Югославия стала официально называться Сербией и Черногорией.